مرکز تحقیقات نقص ایمنی، در گذشته و حال با تعدادی هیات علمی پژوهشی و راهبردی در قالب کارگروه بیماری های نقص ایمنی در تخصص ها و رشته های مختلف مکمل و مرتبط همکاری دارد و طی سالهای فعالیت خود، همواره سعی نموده از طرق مختلف حضوری و مجازی، و طی جلسات متعدد از جمله جلسات شورای پژوهشی وراهبردی، ژنتیک و ... در جهت نیل به اهداف مرکز قدم بردارد و از تخصص اعضای مذکور استفاده نماید.
عنوان کارگروه ها عبارتند از:
کارگروه بیماری های نقص ایمنی اولیه: ایمونولوژی، ژنتیک پزشکی، سلولی ملکولی
کارگروه بیماری های نقص ایمنی ثانویه: انکولوژی هماتولوژی (پیوند مغز استخوان)، روماتولوژی، پیوند (کلیه و کبد)، عفونی، گوارش، ریه، غدد، پاتولوژی
همچنین مرکز تحقیقات طی عقد تفاهم نامه با مراکز و موسسات علمی مرتبط نیز همکاری های تنگاتنگی دارد که به شرح ذیل می باشد:
- همکاری با مرکز تحقیقات نقص ایمنی تهران
- همکاری با مرکز بیماری های ارثی
- همکاری با مرکز پزشکی بازساختی
- همکاری با مرکز تحقیقات بیماری های عفونی و گرمسیری
- همکاری با مرکز تحقیقات عفونت های بیمارستانی
- همکاری با مرکز تحقیقات بیهوشی
- همکاری با مرکز رجیستری بیماران نقص ایمنی دانشگاه علوم پزشکی تهران
- همکاری با ازمایشگاه جامع
- همکاری با دانشگاه آزاد اسلامی واحد نجف آباد
- همکاری با دانشگاه بوعلی سینا همدان
- همکاری با دانشگاه علوم پزشکی مازندران
- همکاری با دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد
- همکاری با دانشکده داروسازی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان
طی همکاری های مذکور، طرح های مشترک و مقالات ارزشمند بسیاری نیز تصویب و چاپ گردیده است.